Trinásta séria seriálu Dunaj, k vašim službám nadviaže na dramatické finále 12. série a dej sa posunie o mesiac dopredu – do záverečných septembrových dní roku 1944, keď Slovensko vstupuje do najkritickejšej fázy Slovenského národného povstania. Príbehy obľúbených hrdinov sa ocitnú priamo v centre historických udalostí, ktoré definitívne menia osudy celej krajiny aj jednotlivcov. Tvorcovia v novej sérii zobrazia dramatickú atmosféru priamych bojov v okolí Banskej Bystrice, ale aj zásadne zmenenú situáciu v Bratislave, ktorú po potlačení povstania zaplavujú nemecké jednotky vrátane brutálnych posíl SS. Dej sa postupne presunie aj do lesov Malých Karpát, kam sa stiahnu partizánske jednotky, aby pokračovali v odboji a čakali na príchod Červenej armády. Po rozpustení slovenskej armády preberajú kontrolu nad krajinou Nemci, obnovujú sa deportácie a represie sa dotýkajú čoraz širších vrstiev obyvateľstva. Krajina žije v napätí a čaká na výsledok posledných bojov – a na to, na ktorú stranu sa definitívne prikloní víťazstvo.