Ku koncu druhej svetovej vojny, keď už to s ich plánmi na ovládnutie sveta nevyzeralo veľmi ružovo, požiadali nacisti nebezpečného a krutého čarodejníka Grigoriho Rasputina (Karel Roden), o otvorenie brány do inej dimenzie, odkiaľ chceli priviesť na Zem temné mocnosti, ktoré by im pomohli pri jej dobytí a ovládnutí. No ich plán zlyhal, pretože hoci sa Rasputiovi skutočne podarilo otvoriť bránu do iného sveta, spojenci, ktorí to všetko videli, dokázali v poslednej chvíli zabrániť najhoršiemu! Až na jednu drobnosť - cez onú bránu sa na Zem zo srdca samotného pekla dostal malý červený diablik... Ujal sa ho vtedy profesor Trevor „Broom“ Bruttenholm (John Hurt), expert na okultizmus, ktorý sa potom v podstate celý zvyšok svojho života snažil vychovať z neho „dobrého“ diabla. O mnoho rokov neskôr je z roztomilého rohatého drobca, ktorému dali príznačné meno Hellboy (Pekelník), dospelý chlap, ktorý má plné ruky práce pre supertajnú americkú organizáciu bojujúcu proti nadprirodzeným silám, ktoré ešte stále vytrvalo ohrozujú náš svet. Drsný Hellboy (Ron Perlman), ktorého jeho priatelia občas familiárne prezývajú „Červený“, nepracuje sám, hoci by mu to tak nepochybne vyhovovalo najviac, ale s rybo-ľudským hybridom Abeom Sapienom (Doug Jones) a neskúseným agentom Johnom Myersom (Rupert Evans), ktorý sa jedného dňa má stať plnohodnotným Bruttenholmovým nástupcom. Jeho srdce, takisto nezvyčajne veľké a silné ako on sám, však bije len pre krásnu Liz Shermanovú (Selma Blair), ktorá, rovnako ako on, disponuje nadprirodzenými schopnosťami - len silou svojich myšlienok dokáže zapáli oheň! Na jeho veľkú smolu o ňom ale Liz nechce ani len počuť - a navyše je práve na vlastnú žiadosť umiestnená na psychiatrii, pretože svoje schopnosti nedokáže ovládať a chce ich mať konečne pod kontrolou. Keď sa však objaví nová hrozba - Rasputin chce totiž svoje dielo skazy dokonať – podarí sa Myersovi presvedčiť Liz, aby s Hellboyom a ostatnými opäť spolupracovala...